Open clinica sur Raspberry pi

• 768 Mo de RAM minimum (1 Go ou plus recommandé)
• 4 Go de disque minimum (16 Go recommandés)

Installez :

• le serveur Tomcat
• le serveur PostgreSQL

Installation des paquetages : *

sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get install postgresql tomcatv tomcatv-admin pwgen libpg-java openjdk-v-jdk

*

<listener><listener-class>php.java.servlet.ContextLoaderListener</listener-class></listener>
<servlet><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.PhpJavaServlet</servlet-class>
</servlet>
<servlet><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.fastcgi.FastCGIServlet</servlet-class>
<init-param><param-name>prefer_system_php_exec</param-name><param-value>On</param-value></init-param>
<init-param><param-name>php_include_java</param-name><param-value>Off</param-value></init-param>
</servlet>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><url-pattern>*.phpjavabridge</url-pattern> </servlet-mapping>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><url-pattern>*.php</url-pattern></servlet-mapping>

Installez java, postgresql (aidez-vous de l’auto-complétion par la touche Tab ⇆ pour les versions) :

• sudo apt-get update
  sudo apt-get upgrade
  sudo apt-get install openjdk-vx-jdk postgresql phppgadmin -y

Téléchargez Tomcat sur http://tomcat.apache.org/download-70.cgi

Dans Binary Distributions/Core, choisir le lien tar.gz.

Le placer, par exemple, dans le dossier /home/$USER/Téléchargements.

Téléchargez le logiciel de OpenClinica sur le site : https://community.openclinica.com/project/openclinica.

Dé-compressez le fichier OpenClinica-v.x.y.z.zip téléchargé → un répertoire OpenClinica-v.x.y.z apparaît.

Créez le lien symbolique : *

sudo ln -s /usr/lib/jvm/jdk* /usr/local/java

Vous pouvez vérifier par : *

ll /usr/local

Le lien doit apparaître.

Allez dans le répertoire de téléchargement et décompressez l’archive téléchargée :

• cd /home/$USER/Téléchargements
  sudo tar -zxvf apache-tomcat-v.x.y.tar.gz

Un répertoire apache-tomcat-v.x.y/ apparaît.

Déplacez ce répertoire vers /usr/local/ et créez le lien tomcat :

• sudo mv apache-tomcat-v.x.y/ /usr/local/
  sudo ln -s /usr/local/apache-tomcat-v.x.y /usr/local/tomcat

Créez l'utilisateur tomcat avec le mot de passe tomcat :

• sudo adduser tomcat

Et rendez-le propriétaire des répertoires de tomcat :

• cd /usr/local/tomcat
  sudo chown -R tomcat:tomcat .
  sudo chmod -R 6770 .

Pour pouvoir intervenir sans être root, rendre l'utilisateur $USER membre du groupe tomcat :

• sudo usermod -aG tomcat $USER

Pour définir le mot de passe de l'utilisateur tomcat, ouvrez le fichier /usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml en ajoutant ces lignes (entre les balises tomcat-users):

/usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml

    ...
    <tomcat-users>
      <role rolename="tomcat"/>
      <role rolename="admin-gui"/>
      <role rolename="manager-gui"/>
      <user username="tomcat" password="tomcat" roles="tomcat,admin-gui,manager-gui"/>
    </tomcat-users>
    ...

L'utilisateur est tomcat, son mot de passe est tomcat, ses rôles sont tomcat, admin-gui et manager-gui.

Démarrez le serveur Tomcat:

• sudo /usr/local/tomcat/bin/startup.sh

Ouvrez dans un navigateur l'adresse

• en local : http://localhost:8080
• sur internet : http://<adresse_du_site>:8080

La page de tomcat doit s'afficher :

Pour que tomcat se lance automatiquement à chaque démarrage, recopiez le fichier ~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat :

• cd /etc/init.d/
  sudo cp ~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat .

Rendez-le exécutable et ajoutez-le à la liste des programmes au démarrage :

• sudo chmod a+x /etc/init.d/tomcat
  sudo update-rc.d tomcat defaults

Un utilisateur système postgres a été créé à l'installation. Il n'a pas de mot de passe : c'est un utilisateur bloqué et le mieux est qu'il le reste.

Nous allons créer l'utilisateur qui nous permettra de gérer postgresql.

Pour cela, lancez l'outil d'administration de PostgreSQL en tant qu'utilisateur postgres :

• sudo -u postgres psql

Vous êtes dans une interface en ligne de commande, en tant que root (# en bout de ligne).

Pour créer un environnement plus sûr, créez un rôle pour l'administration, avec toutes les autorisations sauf l'héritage des droits :

• CREATE ROLE <admin> LOGIN ENCRYPTED PASSWORD '<mot_de_passe>' SUPERUSER NOINHERIT CREATEDB CREATEROLE;

Quittez l'environnement psql :

• \q

Vérifiez en essayant de vous connecter avec l'utilisateur que vous venez de créer :

• sudo -i -u postgres

Installons maintenant l'interface web PhpPgAdmin pour PostgreSQL qui simplifie grandement la mise en place et l'administration.

Ouvrez avec les droits d'administration le fichier /etc/lighttpd/lighttpd.conf et ajoutez la ligne suivante à la fin du fichier :

/etc/lighttpd/lighttpd.conf

...
alias.url += ( "/phppgadmin" => "/usr/share/phppgadmin/")

L'adresse http://monsite.tld/phppgadmin pointe maintenant sur le bon répertoire interne.

Dans le fichier /etc/lighttpd/lighttpd.conf, assurez-vous que le module mod_alias est dé-commenté (donc activé)

et activez les modules mod_fastcgi et mod_cgi :

• sudo lighty-enable-mod fastcgi cgi

Redémarrez le serveur :

• sudo service lighttpd restart

Allez à la page de phpPgAdmin : http://monsite.tld/phppgadmin

Cliquez sur PostgreSQL sur le côté gauche.

Dans la fenêtre de connexion, entrez le nom et le mot de passe de l'utilisateur créé plus haut pour gérer postgresql. Cela devrait vous connecter

Pour ajouter un rôle (utilisateur)

Cliquez sur rôles dans la zone du milieu en haut de la page

Cliquez sur Créer Rôle

Créer nom d'utilisateur / mot de passe et donner toutes les autorisations autres que privilèges Inherits.

Ignorer les autres options dans les cases à cocher

Cliquez sur Créer