Documentation du Dr FRAPPE

Ce wiki regroupe les résultats de mes expériences en informatique accumulés au cours de mes recherches sur le net.
Dans la mesure du possible, j'ai cité mes sources ; il en manque certainement…
Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur.
====== Open clinica sur Raspberry pi ======

===== Installation =====

==== Caractéristiques de la machine ====

  * 768 Mo de RAM minimum (1 Go ou plus recommandé)
  * 4 Go de disque minimum (16 Go recommandés)

==== Installez le serveur ====

Installez :
  * le serveur Tomcat
  * le serveur PostgreSQL

Installation des paquetages :
* <code>sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get install postgresql tomcatv tomcatv-admin pwgen libpg-java openjdk-v-jdk</code>

<WRAP center round important 60%>
remplacez **v** par le numéro de version (s'aider de l'auto-complétion avec <key>Tab</key>)
</WRAP>

==== Configurez Tomcat ====

* <code><listener><listener-class>php.java.servlet.ContextLoaderListener</listener-class></listener>
<servlet><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.PhpJavaServlet</servlet-class>
</servlet>
<servlet><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.fastcgi.FastCGIServlet</servlet-class>
<init-param><param-name>prefer_system_php_exec</param-name><param-value>On</param-value></init-param>
<init-param><param-name>php_include_java</param-name><param-value>Off</param-value></init-param>
</servlet>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><url-pattern>*.phpjavabridge</url-pattern> </servlet-mapping>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><url-pattern>*.php</url-pattern></servlet-mapping></code>

===== Installation =====

Installez java, postgresql (aidez-vous de l’auto-complétion par la touche <key>Tab</key> pour les versions) : 
  * <code>sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install openjdk-vx-jdk postgresql phppgadmin -y</code>

===== Téléchargement =====

Téléchargez Tomcat sur [[http://tomcat.apache.org/download-70.cgi]]

{{logiciel:internet:tomcat:tomcat-01.png|}}

Dans **Binary Distributions**/**Core**, choisir le lien **tar.gz**.

Le placer, par exemple, dans le dossier **/home/$USER/Téléchargements**.

<WRAP center round tip 60%>
Pour l'installer sur un Raspberry, le copier via scp vers un répertoire du Rpi :
  * <code>scp ~/Téléchargements/apache-tomcat-[version].tar.gz pi@framboise:/home/pi</code>
</WRAP>

Téléchargez le logiciel de OpenClinica sur le site : [[https://community.openclinica.com/project/openclinica]].

<WRAP center round tip 60%>
Pour télécharger le logiciel, vous devez avoir un compte utilisateur de la communauté de OpenClinica, à créer gratuitement. Vous devrez vous connecter au compte pour télécharger le logiciel de OpenClinica
</WRAP>

Dé-compressez le fichier **OpenClinica-v.x.y.z.zip** téléchargé -> un répertoire **OpenClinica-v.x.y.z** apparaît.

===== Installez java =====

Créez le lien symbolique :
* <code>sudo ln -s /usr/lib/jvm/jdk* /usr/local/java</code>

Vous pouvez vérifier par :
* <code>ll /usr/local</code>

Le lien doit apparaître.

===== Installez Tomcat =====

Allez dans le répertoire de téléchargement et décompressez l’archive téléchargée :
  * <code>cd /home/$USER/Téléchargements
sudo tar -zxvf apache-tomcat-v.x.y.tar.gz</code>

Un répertoire **apache-tomcat-v.x.y/** apparaît.

Déplacez ce répertoire vers **/usr/local/** et créez le lien **tomcat** :
  * <code>sudo mv apache-tomcat-v.x.y/ /usr/local/
sudo ln -s /usr/local/apache-tomcat-v.x.y /usr/local/tomcat</code>

Créez l'utilisateur **tomcat** avec le mot de passe **tomcat** :
  * <code>sudo adduser tomcat</code>

{{logiciel:internet:tomcat:tomcat-user_tomcat.png|}}

Et rendez-le propriétaire des répertoires de tomcat :
  * <code>cd /usr/local/tomcat
sudo chown -R tomcat:tomcat .
sudo chmod -R 6770 .</code>

Pour pouvoir intervenir sans être root, rendre l'utilisateur **$USER** membre du groupe **tomcat** :
  * <code>sudo usermod -aG tomcat $USER</code>
<WRAP center round important 60%>
Attention à mettre le **-a** : sinon, $USER changera de groupe au lieu d'ajouter tomcat
</WRAP>

Pour définir le mot de passe de l'utilisateur **tomcat**, ouvrez le fichier **/usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml** en ajoutant ces lignes (entre les balises tomcat-users):

<code - /usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml>
    ...
    <tomcat-users>
      <role rolename="tomcat"/>
      <role rolename="admin-gui"/>
      <role rolename="manager-gui"/>
      <user username="tomcat" password="tomcat" roles="tomcat,admin-gui,manager-gui"/>
    </tomcat-users>
    ...
</code>

L'utilisateur est **tomcat**, son mot de passe est **tomcat**, ses rôles sont **tomcat**, **admin-gui** et **manager-gui**.

Démarrez le serveur Tomcat:
  * <code>sudo /usr/local/tomcat/bin/startup.sh</code>

Ouvrez dans un navigateur l'adresse 
  * en local : [[http://localhost:8080]]
  * sur internet : [[http://<adresse_du_site>:8080]]

La page de tomcat doit s'afficher :

{{logiciel:internet:tomcat:tomcat-02.png|}}

Pour que tomcat se lance automatiquement à chaque démarrage, recopiez le fichier **~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat** :
  * <code>cd /etc/init.d/
sudo cp ~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat .</code>

Rendez-le exécutable et ajoutez-le à la liste des programmes au démarrage :
  * <code>sudo chmod a+x /etc/init.d/tomcat
sudo update-rc.d tomcat defaults</code>

===== Installez postgresql et phppgadmin =====

Un utilisateur système postgres a été créé à l'installation. Il n'a pas de mot de passe : c'est un utilisateur bloqué et le mieux est qu'il le reste.

<WRAP center round tip 60%>
**__utilisateur postgres__**
Au départ, toutes les opérations d'administration se font donc avec l'utilisateur **postgres** qui seul peut se connecter.

Pour vous connecter en tant qu'utilisateur **postgres**, utilisez la commande sudo :
  * <code>sudo -i -u postgres</code>

L'invite de commande mentionne que vous êtes actif en tant que postgres :

{{logiciel:sql:postgresql:postgresql-2.png|}}

A la fin de cette session d'administration dans PostgreSQL, il suffira de taper
  * <code>exit</code>

pour reprendre la main en tant qu'utilisateur du système.

On peut aussi lancer une commande (ici **psql**) en tant que postgres :
  * <code>sudo -u postgres psql</code>

Dès que cette commande se termine, on se retrouve avec l'utilisateur habituel.
</WRAP>

==== Création d'un nouvel utilisateur pour gérer postgresql ====

Nous allons créer l'utilisateur qui nous permettra de gérer postgresql.

Pour cela, lancez l'outil d'administration de PostgreSQL en tant qu'utilisateur **postgres** :
  * <code>sudo -u postgres psql</code>

{{logiciel:sql:postgresql:postgresql-3.png|}}

Vous êtes dans une interface en ligne de commande, en tant que **root** (**#** en bout de ligne).

Pour créer un environnement plus sûr, créez un rôle pour l'administration, avec toutes les autorisations sauf l'héritage des droits :
  * <code>CREATE ROLE <admin> LOGIN ENCRYPTED PASSWORD '<mot_de_passe>' SUPERUSER NOINHERIT CREATEDB CREATEROLE;</code>
<WRAP center round important 60%>

  ; <admin>
  : nom d'utilisateur
  ; <mot_de_passe>
  : mot de passe

N'oubliez pas le point-virgule en fin de ligne !
</WRAP>
Quittez l'environnement psql :
  * <code>\q</code>

Vérifiez en essayant de vous connecter avec l'utilisateur que vous venez de créer :
  * <code>sudo -i -u postgres</code>

==== Installation de l'interface web PhpPgAdmin ====

Installons maintenant l'interface web **PhpPgAdmin** pour PostgreSQL qui simplifie grandement la mise en place et l'administration.

[[tutoriel:mini-tutoriels:ficedit#Modifier un fichier avec les droits d'administration|Ouvrez avec les droits d'administration]] le fichier **/etc/lighttpd/lighttpd.conf** et ajoutez la ligne suivante à la fin du fichier :
<code - /etc/lighttpd/lighttpd.conf>
...
alias.url += ( "/phppgadmin" => "/usr/share/phppgadmin/")
</code>

L'adresse [[http://monsite.tld/phppgadmin]] pointe maintenant sur le bon répertoire interne.

Dans le fichier **/etc/lighttpd/lighttpd.conf**, assurez-vous que le module **mod_alias** est dé-commenté (donc activé)

et activez les modules **mod_fastcgi** et **mod_cgi** :
  * <code>sudo lighty-enable-mod fastcgi cgi</code>

Redémarrez le serveur :
  * <code>sudo service lighttpd restart</code>

Allez à la page de phpPgAdmin : [[http://monsite.tld/phppgadmin]]

Cliquez sur **PostgreSQL** sur le côté gauche.

Dans la fenêtre de connexion, entrez le nom et le mot de passe de l'utilisateur créé plus haut pour gérer postgresql. Cela devrait vous connecter

{{logiciel:sql:postgresql:postgresql-phppgadmin-1.png|}}

Pour ajouter un rôle (utilisateur)

Cliquez sur **rôles** dans la zone du milieu en haut de la page

Cliquez sur **Créer Rôle**

Créer nom d'utilisateur / mot de passe et donner toutes les autorisations autres que **privilèges Inherits**.

Ignorer les autres options dans les cases à cocher

Cliquez sur **Créer**
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