Documentation du Dr FRAPPE

Ce wiki regroupe les résultats de mes expériences en informatique accumulés au cours de mes recherches sur le net.

Dans la mesure du possible, j'ai cité mes sources ; il en manque certainement… :-)

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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Prochaine révisionLes deux révisions suivantes
fr:logiciel:internet:openclinica:start [2021/02/15 16:00] – ↷ Liens modifiés en raison d'un déplacement. adminlogiciel:internet:openclinica:start [2022/02/13 14:38] – admin
Ligne 7: Ligne 7:
 Voici comment se procurer, installer et configurer OpenClinica et ses dépendances logicielles. Voici comment se procurer, installer et configurer OpenClinica et ses dépendances logicielles.
  
-====== Pré-requis ======+===== Pré-requis =====
  
   * Avoir installé les paquets **[[apt>vim unzip tar]]**   * Avoir installé les paquets **[[apt>vim unzip tar]]**
  
-===== Installez Java JDK (Java Development Kit) =====+==== Installez Java JDK (Java Development Kit) ====
  
 OpenClinica est écrit en Java. OpenClinica est écrit en Java.
Ligne 17: Ligne 17:
 <WRAP center round important 60%> <WRAP center round important 60%>
 Dans tout ce qui suit, remplacez **v** ou **v.x.y** par la version Dans tout ce qui suit, remplacez **v** ou **v.x.y** par la version
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 installez le paquet **[[apt>openjdk-v-jdk]]** installez le paquet **[[apt>openjdk-v-jdk]]**
Ligne 29: Ligne 29:
   * <code>sudo update-alternatives --config java</code>   * <code>sudo update-alternatives --config java</code>
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-java-versions.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-java-versions.png|}}
  
 Créez un lien symbolique vers l'emplacement repéré : Créez un lien symbolique vers l'emplacement repéré :
Ligne 37: Ligne 37:
 Vous pouvez vérifier par : Vous pouvez vérifier par :
   * <code>ll /usr/local</code>   * <code>ll /usr/local</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 <WRAP center round box 60%> <WRAP center round box 60%>
Ligne 60: Ligne 60:
   * <code>sudo mv jdk1* /usr/local/   * <code>sudo mv jdk1* /usr/local/
 sudo ln -s /usr/local/jdk1* /usr/local/java</code> sudo ln -s /usr/local/jdk1* /usr/local/java</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Java est maintenant installé au bon endroit. Java est maintenant installé au bon endroit.
  
-===== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) =====+==== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) ====
  
 Voir la page [[fr:logiciel:internet:serveur:tomcat]] Voir la page [[fr:logiciel:internet:serveur:tomcat]]
Ligne 80: Ligne 80:
   * <code>sudo mkdir /usr/local/tomcat/oldwebapps   * <code>sudo mkdir /usr/local/tomcat/oldwebapps
 sudo mv /usr/local/tomcat/webapps/* /usr/local/tomcat/oldwebapps</code> sudo mv /usr/local/tomcat/webapps/* /usr/local/tomcat/oldwebapps</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
-===== Installez la base de données PostgreSQL et de l'interface web PhpPgAdmin =====+==== Installez la base de données PostgreSQL et de l'interface web PhpPgAdmin ====
  
-Voir [[fr:logiciel:sql:postgresql:start#Installation]]+Voir [[logiciel:sql:postgresql:start#Installation]]
  
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
Ligne 95: Ligne 95:
   * systèmes d'exploitation 32 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux.bin</code>   * systèmes d'exploitation 32 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux.bin</code>
   * systèmes d'exploitation 64 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux-x64.bin</code>   * systèmes d'exploitation 64 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux-x64.bin</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
-====== Installation (Linux) ======+===== Installation (Linux) =====
  
 Voir : [[https://docs.openclinica.com/3.1/installation/installation-linux]] Voir : [[https://docs.openclinica.com/3.1/installation/installation-linux]]
Ligne 114: Ligne 114:
   * **i386** ou **i686** -> 32 bits   * **i386** ou **i686** -> 32 bits
   * **x86_64** -> 64 bits.   * **x86_64** -> 64 bits.
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Créez un répertoire de travail sur un disque (**/media/...** ou **/home/user** ... Nous l'appellerons **/[DISQUE]** et faites-en le répertoire courant en exécutant les commandes suivantes : Créez un répertoire de travail sur un disque (**/media/...** ou **/home/user** ... Nous l'appellerons **/[DISQUE]** et faites-en le répertoire courant en exécutant les commandes suivantes :
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 cd /[DISQUE]/oc/install</code> cd /[DISQUE]/oc/install</code>
  
-===== Installation de OpenClinica =====+==== Installation de OpenClinica ====
  
 Téléchargez le logiciel OpenClinica sur le site [[https://community.openclinica.com/project/openclinica]]. Téléchargez le logiciel OpenClinica sur le site [[https://community.openclinica.com/project/openclinica]].
Ligne 126: Ligne 126:
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
 Pour télécharger OpenClinica, vous devez avoir un [[https://community.openclinica.com/user/register|compte utilisateur de la communauté OpenClinica]] (inscription gratuite) et vous connecter à ce compte. Pour télécharger OpenClinica, vous devez avoir un [[https://community.openclinica.com/user/register|compte utilisateur de la communauté OpenClinica]] (inscription gratuite) et vous connecter à ce compte.
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Après avoir téléchargé OpenClinica, déplacez-le vers le répertoire où vous avez téléchargé les autres composants logiciels (**/[DISQUE]/oc/install**): Après avoir téléchargé OpenClinica, déplacez-le vers le répertoire où vous avez téléchargé les autres composants logiciels (**/[DISQUE]/oc/install**):
   * <code>/[DISQUE]/oc/install</code>   * <code>/[DISQUE]/oc/install</code>
  
-====== Configuration ======+===== Configuration =====
  
-===== Configuration de Java =====+==== Configuration de Java ====
  
 Renseigner la variable **JAVA_HOME** : Renseigner la variable **JAVA_HOME** :
Ligne 144: Ligne 144:
 </code> </code>
  
-===== Configuration de phpPgAdmin =====+==== Configuration de phpPgAdmin ====
  
-Voir [[fr:logiciel:sql:postgresql:start#Configuration]]+Voir [[logiciel:sql:postgresql:start#Configuration]]
  
-===== Configuration de lighttpd =====+==== Configuration de lighttpd ====
  
 Dans le fichier /etc/lighttpd/lighttpd.conf, assurez-vous que le module **mod_alias** est dé-commenté (donc activé) Dans le fichier /etc/lighttpd/lighttpd.conf, assurez-vous que le module **mod_alias** est dé-commenté (donc activé)
Ligne 160: Ligne 160:
   * <code>sudo service lighttpd restart</code>   * <code>sudo service lighttpd restart</code>
  
-==== Connexion à tomcat depuis lighttpd ====+=== Connexion à tomcat depuis lighttpd ===
  
 Nous allons utiliser mod_proxy pour nous connecter à Tomcat. Nous allons utiliser mod_proxy pour nous connecter à Tomcat.
Ligne 246: Ligne 246:
   * <code>sudo /etc/init.d/lighttpd start</code>   * <code>sudo /etc/init.d/lighttpd start</code>
  
-===== Configuration de la base de données pour OpenClinica =====+==== Configuration de la base de données pour OpenClinica ====
  
-==== Graphiquement, avec phppgadmin ====+=== Graphiquement, avec phppgadmin ===
  
 Ouvrez la page de **phppgadmin** : [[http://domaine.tld/phppgadmin/]] Ouvrez la page de **phppgadmin** : [[http://domaine.tld/phppgadmin/]]
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-1.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-1.png|}}
  
 Choisissez la langue (français) Choisissez la langue (français)
Ligne 258: Ligne 258:
 Dans la colonne de gauche, cliquez sur **PostgreSQL**. Il apparaît un formulaire de connexion : Dans la colonne de gauche, cliquez sur **PostgreSQL**. Il apparaît un formulaire de connexion :
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-2.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-2.png|}}
  
 Connectez-vous avec le rôle pgadmin créé plus haut. Connectez-vous avec le rôle pgadmin créé plus haut.
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-3.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-3.png|}}
  
 Nous allons créer un nouveau compte d'utilisateur pour openclinica Nous allons créer un nouveau compte d'utilisateur pour openclinica
Ligne 268: Ligne 268:
 Cliquez sur le bouton <key>Rôles</key> dans la zone du milieu en haut de la page puis, en bas, sur le lien "__Créer un rôle__" : Cliquez sur le bouton <key>Rôles</key> dans la zone du milieu en haut de la page puis, en bas, sur le lien "__Créer un rôle__" :
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-4.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-4.png|}}
   * Nom : **clinica**   * Nom : **clinica**
   * donner un mot de passe en le confirmant   * donner un mot de passe en le confirmant
Ligne 286: Ligne 286:
 Cliquez sur le bouton <key>Bases de données</key> en haut puis, en bas, sur le lien "__Créer une base de données__" : Cliquez sur le bouton <key>Bases de données</key> en haut puis, en bas, sur le lien "__Créer une base de données__" :
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-5.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-5.png|}}
   * Nom : **openclinica**   * Nom : **openclinica**
   * Codage : **UTF8**   * Codage : **UTF8**
Ligne 292: Ligne 292:
 Cliquez sur le bouton <key>Créer</key>. Cliquez sur le bouton <key>Créer</key>.
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-6.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-phppgadmin-6.png|}}
  
-==== En ligne de commande ====+=== En ligne de commande ===
  
 On utilise **psql** sous postgres (n'oubliez pas les point-virgules en bout de ligne !) : On utilise **psql** sous postgres (n'oubliez pas les point-virgules en bout de ligne !) :
Ligne 303: Ligne 303:
 create database openclinica with encoding='UTF8' owner=clinica;</code> create database openclinica with encoding='UTF8' owner=clinica;</code>
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-psql.role.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-psql.role.png|}}
  
-{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-psql.base.png|}}+{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-psql.base.png|}}
  
 Et quittez psql : Et quittez psql :
Ligne 312: Ligne 312:
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
 Pour modifier plus tard le mot de passe du rôle **clinica** : Pour modifier plus tard le mot de passe du rôle **clinica** :
-  * <code>sudo -u postgres psql</code>{{fr:logiciel:internet:openclinica:openclinica-psql.png|}}+  * <code>sudo -u postgres psql</code>{{logiciel:internet:openclinica:openclinica-psql.png|}}
  
 puis : puis :
   * <code>alter user clinica with password 'XXXXXXXXX';   * <code>alter user clinica with password 'XXXXXXXXX';
 \q</code> \q</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
-===== Déploiement d'OpenClinica dans Tomcat =====+==== Déploiement d'OpenClinica dans Tomcat ====
  
 Allez dans le répertoire webapps de tomcat et copiez-y le fichier .war d'Openclinica. Allez dans le répertoire webapps de tomcat et copiez-y le fichier .war d'Openclinica.
Ligne 327: Ligne 327:
 Tomcat déploie automatiquement le fichier .war d'OpenClinica en créant un répertoire **webapps/openclinica** et qui peut être utilisé avec la base de données. Tomcat déploie automatiquement le fichier .war d'OpenClinica en créant un répertoire **webapps/openclinica** et qui peut être utilisé avec la base de données.
  
-====== Utilisation ======+===== Utilisation =====
  
 Lancez l'application via le [[:unity#tableau_de_bord_dash|dash]] (Ubuntu 11.04 et ultérieures) ou via le [[:terminal]] (toutes versions d'Ubuntu) avec la [[:commande_shell|commande]] suivante : Lancez l'application via le [[:unity#tableau_de_bord_dash|dash]] (Ubuntu 11.04 et ultérieures) ou via le [[:terminal]] (toutes versions d'Ubuntu) avec la [[:commande_shell|commande]] suivante :
 <code>machin-chose</code> <code>machin-chose</code>
  
-====== Désinstallation ======+===== Désinstallation =====
  
 Pour supprimer cette application, il suffit de [[tutoriel:mini-tutoriels:start#Suppression de paquets|supprimer son paquet]]. Selon la méthode choisie, la configuration globale de l'application est conservée ou supprimée. Les journaux du système, et les fichiers de préférence des utilisateurs dans leurs dossiers personnels sont toujours conservés. Pour supprimer cette application, il suffit de [[tutoriel:mini-tutoriels:start#Suppression de paquets|supprimer son paquet]]. Selon la méthode choisie, la configuration globale de l'application est conservée ou supprimée. Les journaux du système, et les fichiers de préférence des utilisateurs dans leurs dossiers personnels sont toujours conservés.
  
-====== Voir aussi ======+===== Voir aussi =====
  
   * **(en)** [[https://www.openclinica.com/]]   * **(en)** [[https://www.openclinica.com/]]
Ligne 342: Ligne 342:
  
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
-Essais FNF : [[fr:logiciel:internet:openclinica:ocfnf]] +Essais FNF : [[logiciel:internet:openclinica:ocfnf]] 
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 ---- ----
Ligne 379: Ligne 379:
   * le retirer de /etc/init.d   * le retirer de /etc/init.d
   * <code>sudo update-rc.d tomcat remove</code>   * <code>sudo update-rc.d tomcat remove</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Pour arrêter et démarrer Tomcat manuellement : Pour arrêter et démarrer Tomcat manuellement :
Ligne 390: Ligne 390:
   * <code>export JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS   -Xmx1280m -XX:+UseParallelGC -XX:ParallelGCThreads=n -XX:MaxPermSize=180m -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"</code>   * <code>export JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS   -Xmx1280m -XX:+UseParallelGC -XX:ParallelGCThreads=n -XX:MaxPermSize=180m -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"</code>
  
-  ? XX:ParallelGCThreads=n+  ; XX:ParallelGCThreads=n
   : n = nombre de cœurs de votre processeur (< 8).   : n = nombre de cœurs de votre processeur (< 8).
  
Ligne 397: Ligne 397:
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
 Notez qu'il faut au minimum 1280 Mo de RAM avec ces paramètres. La quantité de mémoire disponible peut être déterminée à l'aide de la commande <code>free-m</code> qui donne la mémoire en Mo. Notez qu'il faut au minimum 1280 Mo de RAM avec ces paramètres. La quantité de mémoire disponible peut être déterminée à l'aide de la commande <code>free-m</code> qui donne la mémoire en Mo.
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 La valeur de MaxPermSize dépend du nombre de fichiers war que vous déployez. Le fichier war web nécessite PermGen=180m ; le war ws nécessite PermGen=90m. La valeur de MaxPermSize dépend du nombre de fichiers war que vous déployez. Le fichier war web nécessite PermGen=180m ; le war ws nécessite PermGen=90m.

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