Documentation du Dr FRAPPE

Ce wiki regroupe les résultats de mes expériences en informatique accumulés au cours de mes recherches sur le net.

Dans la mesure du possible, j'ai cité mes sources ; il en manque certainement… :-)

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Prochaine révision		Révision précédente
Prochaine révisionLes deux révisions suivantes
logiciel:internet:openclinica:start [2020/09/04 22:27] – adminlogiciel:internet:openclinica:start [2022/02/13 14:38] – admin
Ligne 17: Ligne 17:
 <WRAP center round important 60%> <WRAP center round important 60%>
 Dans tout ce qui suit, remplacez **v** ou **v.x.y** par la version Dans tout ce qui suit, remplacez **v** ou **v.x.y** par la version
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 installez le paquet **[[apt>openjdk-v-jdk]]** installez le paquet **[[apt>openjdk-v-jdk]]**
Ligne 37: Ligne 37:
 Vous pouvez vérifier par : Vous pouvez vérifier par :
   * <code>ll /usr/local</code>   * <code>ll /usr/local</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 <WRAP center round box 60%> <WRAP center round box 60%>
Ligne 60: Ligne 60:
   * <code>sudo mv jdk1* /usr/local/   * <code>sudo mv jdk1* /usr/local/
 sudo ln -s /usr/local/jdk1* /usr/local/java</code> sudo ln -s /usr/local/jdk1* /usr/local/java</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Java est maintenant installé au bon endroit. Java est maintenant installé au bon endroit.
Ligne 66: Ligne 66:
 ==== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) ==== ==== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) ====
  
-Voir la page [[logiciel:internet:serveur:tomcat]]+Voir la page [[fr:logiciel:internet:serveur:tomcat]]
  
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
Ligne 80: Ligne 80:
   * <code>sudo mkdir /usr/local/tomcat/oldwebapps   * <code>sudo mkdir /usr/local/tomcat/oldwebapps
 sudo mv /usr/local/tomcat/webapps/* /usr/local/tomcat/oldwebapps</code> sudo mv /usr/local/tomcat/webapps/* /usr/local/tomcat/oldwebapps</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 ==== Installez la base de données PostgreSQL et de l'interface web PhpPgAdmin ==== ==== Installez la base de données PostgreSQL et de l'interface web PhpPgAdmin ====
Ligne 95: Ligne 95:
   * systèmes d'exploitation 32 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux.bin</code>   * systèmes d'exploitation 32 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux.bin</code>
   * systèmes d'exploitation 64 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux-x64.bin</code>   * systèmes d'exploitation 64 bits :<code>wget http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.1/linux/postgresql-8.4.1-1-linux-x64.bin</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 ===== Installation (Linux) ===== ===== Installation (Linux) =====
Ligne 114: Ligne 114:
   * **i386** ou **i686** -> 32 bits   * **i386** ou **i686** -> 32 bits
   * **x86_64** -> 64 bits.   * **x86_64** -> 64 bits.
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Créez un répertoire de travail sur un disque (**/media/...** ou **/home/user** ... Nous l'appellerons **/[DISQUE]** et faites-en le répertoire courant en exécutant les commandes suivantes : Créez un répertoire de travail sur un disque (**/media/...** ou **/home/user** ... Nous l'appellerons **/[DISQUE]** et faites-en le répertoire courant en exécutant les commandes suivantes :
Ligne 126: Ligne 126:
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
 Pour télécharger OpenClinica, vous devez avoir un [[https://community.openclinica.com/user/register|compte utilisateur de la communauté OpenClinica]] (inscription gratuite) et vous connecter à ce compte. Pour télécharger OpenClinica, vous devez avoir un [[https://community.openclinica.com/user/register|compte utilisateur de la communauté OpenClinica]] (inscription gratuite) et vous connecter à ce compte.
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Après avoir téléchargé OpenClinica, déplacez-le vers le répertoire où vous avez téléchargé les autres composants logiciels (**/[DISQUE]/oc/install**): Après avoir téléchargé OpenClinica, déplacez-le vers le répertoire où vous avez téléchargé les autres composants logiciels (**/[DISQUE]/oc/install**):
Ligne 317: Ligne 317:
   * <code>alter user clinica with password 'XXXXXXXXX';   * <code>alter user clinica with password 'XXXXXXXXX';
 \q</code> \q</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 ==== Déploiement d'OpenClinica dans Tomcat ==== ==== Déploiement d'OpenClinica dans Tomcat ====
Ligne 343: Ligne 343:
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
 Essais FNF : [[logiciel:internet:openclinica:ocfnf]] Essais FNF : [[logiciel:internet:openclinica:ocfnf]]
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 ---- ----
Ligne 363: Ligne 363:
  
  
-==== - Réglez Tomcat pour démarrer ====+===== - Réglez Tomcat pour démarrer =====
  
 Vous pouvez configurer Tomcat pour qu'il démarre automatiquement lorsque vous démarrez votre système. Vous pouvez configurer Tomcat pour qu'il démarre automatiquement lorsque vous démarrez votre système.
Ligne 379: Ligne 379:
   * le retirer de /etc/init.d   * le retirer de /etc/init.d
   * <code>sudo update-rc.d tomcat remove</code>   * <code>sudo update-rc.d tomcat remove</code>
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 Pour arrêter et démarrer Tomcat manuellement : Pour arrêter et démarrer Tomcat manuellement :
Ligne 385: Ligne 385:
   * pour démarrer<code>/usr/local/tomcat/bin/startup.sh</code>   * pour démarrer<code>/usr/local/tomcat/bin/startup.sh</code>
  
-==== - Configurez OpenClinica pour une performance optimale ====+===== - Configurez OpenClinica pour une performance optimale =====
  
 Modifiez init.d/tomcat et remplacer les JAVA_OPTS avec ce qui suit: Modifiez init.d/tomcat et remplacer les JAVA_OPTS avec ce qui suit:
   * <code>export JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS   -Xmx1280m -XX:+UseParallelGC -XX:ParallelGCThreads=n -XX:MaxPermSize=180m -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"</code>   * <code>export JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS   -Xmx1280m -XX:+UseParallelGC -XX:ParallelGCThreads=n -XX:MaxPermSize=180m -XX:+CMSClassUnloadingEnabled"</code>
  
-  ? XX:ParallelGCThreads=n+  ; XX:ParallelGCThreads=n
   : n = nombre de cœurs de votre processeur (< 8).   : n = nombre de cœurs de votre processeur (< 8).
  
Ligne 397: Ligne 397:
 <WRAP center round tip 60%> <WRAP center round tip 60%>
 Notez qu'il faut au minimum 1280 Mo de RAM avec ces paramètres. La quantité de mémoire disponible peut être déterminée à l'aide de la commande <code>free-m</code> qui donne la mémoire en Mo. Notez qu'il faut au minimum 1280 Mo de RAM avec ces paramètres. La quantité de mémoire disponible peut être déterminée à l'aide de la commande <code>free-m</code> qui donne la mémoire en Mo.
-</WRAP>+</subnumberlist>
  
 La valeur de MaxPermSize dépend du nombre de fichiers war que vous déployez. Le fichier war web nécessite PermGen=180m ; le war ws nécessite PermGen=90m. La valeur de MaxPermSize dépend du nombre de fichiers war que vous déployez. Le fichier war web nécessite PermGen=180m ; le war ws nécessite PermGen=90m.
Ligne 403: Ligne 403:
 Pour que les paramètres prennent effet, redémarrez le serveur Tomcat. Pour que les paramètres prennent effet, redémarrez le serveur Tomcat.
  
-==== - Configurez l'application OpenClinica ====+==== - Configurez l'application OpenClinica =====
  
 Si vous avez suivi toutes les instructions précédentes, il n'y a qu'une propriété dans le fichier de configuration, **datainfo.properties**, que vous devrez peut-être changer pour démarrer OpenClinica. Si vous avez suivi toutes les instructions précédentes, il n'y a qu'une propriété dans le fichier de configuration, **datainfo.properties**, que vous devrez peut-être changer pour démarrer OpenClinica.
Ligne 425: Ligne 425:
 Pour plus d'informations concernant la configuration OpenClinica pour l'internationalisation et l'utilisation de caractères UTF-8, voir [[https://docs.openclinica.com/3.1/technical-documents/openclinica-and-internationalization]] Pour plus d'informations concernant la configuration OpenClinica pour l'internationalisation et l'utilisation de caractères UTF-8, voir [[https://docs.openclinica.com/3.1/technical-documents/openclinica-and-internationalization]]
  
-==== - Description des datainfo.properties fichier ====+===== - Description des datainfo.properties fichier =====
  
 Le fichier **datainfo.properties** ressemble à ce qui suit. Le fichier **datainfo.properties** ressemble à ce qui suit.
Ligne 725: Ligne 725:
 </code> </code>
  
-==== - Vérifier l'accès à OpenClinica ====+===== - Vérifier l'accès à OpenClinica =====
  
 À ce stade, Java, Tomcat, PostgreSQL et OpenClinica sont installés et mis en place. À ce stade, Java, Tomcat, PostgreSQL et OpenClinica sont installés et mis en place.
Ligne 738: Ligne 738:
 Pour vérifier votre configuration, essayez d'accéder à OpenClinica depuis un autre ordinateur en exécutant la même commande à partir de cet ordinateur, mais remplacez localhost par l'IP ou le nom du serveur. Pour vérifier votre configuration, essayez d'accéder à OpenClinica depuis un autre ordinateur en exécutant la même commande à partir de cet ordinateur, mais remplacez localhost par l'IP ou le nom du serveur.
  
-==== - Configurez Tomcat pour utiliser HTTPS ====+===== - Configurez Tomcat pour utiliser HTTPS =====
  
 OpenClinica recommande vivement la sécurisation du serveur Tomcat en utilisant un protocole SSL. pour établir des connexions sécurisées %%https://%%. SSL nécessite un certificat de sécurité. Informations sur la configuration de certificats SSL pour Tomcat sur ce site : [[http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/ssl-howto.html]] OpenClinica recommande vivement la sécurisation du serveur Tomcat en utilisant un protocole SSL. pour établir des connexions sécurisées %%https://%%. SSL nécessite un certificat de sécurité. Informations sur la configuration de certificats SSL pour Tomcat sur ce site : [[http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/ssl-howto.html]]
  
-==== - Vérification de l'installation ====+===== - Vérification de l'installation =====
  
 Connectez-vous à OpenClinica avec le nom d'utilisateur **root** et le mot de passe **12345678**. Connectez-vous à OpenClinica avec le nom d'utilisateur **root** et le mot de passe **12345678**.

Piste :